Andrej Zupan je aktiven tudi kot dirigent in mentor različnim orkestrom. Od leta 1998 do 2004 je bil dirigent in mentor mladinskega pihalnega orkestra Glasbene šole Franca Šturma v Ljubljani. Sodeloval je kot mentor in pomočnik dirigenta Pihalnega orkestra Vič iz Ljubljane.

Orkester mandolina Ljubljana

Od leta 2003 je Andrej Zupan dirigent enega najboljših mandolinskih orkestrov v Evropi, Orkestra mandolina Ljubljana. S slednjim je dosegel velike uspehe na mednarodnih tekmovanjih in na koncertnih odrih doma in v tujini. Med največje dosežke orkester šteje številna in zaporedna zlata priznanja in nagrade s Srečanj tamburašev in mandolinistov Slovenije, zmage na treh mednarodnih mandolinskih tekmovanjih leta 2000 v Falkensteinu pri Frankfurtu na Maini, leta 2005 in 2011 v hrvaškem Imotskem, ter udeležbo na pomembnih mednarodnih mandolinskih festivalih leta 2006 v Bambergu (Nemčija), leta 2008 v Logrognu (Španija), leta 2009 v Remiremontu (Francija), leta 2010 v Pazardziku (Bolgarija). 

Video Orkester mandolina Ljubljana

Pihalni orkester Eta Cerkno

Od leta 2003 je Andrej Zupan dirigent Pihalnega orkestra Eta Cerkno. Ustanovitev Cerkljanske godbe na pihala sega v leto 1974, ko je bila na pobudo vodstva uspešnega cerkljanskega podjetja ETA ustanovljena Godba na pihala, po katerem še danes nosi tudi ime. S tem se je poživila glasbena in siceršnja kulturna dejavnost kraja in okolice. Izdatna finančna podpora podjetja je omogočila nakup inštrumentov in začelo se je plodno sodelovanje s cerkljanskim oddelkom Glasbene šole Idrija, ki je poskrbela za glasbeno izobraževanje njenih bodočih članov.

Godba je kmalu postala nepogrešljiva ob praznikih, srečanjih in otvoritvah, navezala pa je tudi stike z drugimi orkestri, tudi tistimi izven slovenskih meja. V 80-ih in na začetku 90-ih let je Pihalni orkester ETA sodeloval na številnih takrat zelo trendovskih tekmovanj notranjskih ter primorskih pihalnih orkestrov in drugih revijah pihalnih godbenikov. Sodelovali so tudi na treh tekmovanjih pihalnih orkestrov Slovenije, tretje težavnostne stopnje. Pri tem so prejeli zlato plaketo Zveze kulturnih organizacij Slovenije, kot najboljši orkester na tekmovanju leta 1988 v svoji skupini. Leta 1984 so prejeli Pirnatovo nagrado takratne

Skupščine Občine Idrija, ob njeni 10. obletnici delovanja, ob 25. letnici pa so prejeli še Bevkovo nagrado Občine Cerkno. Sedanje vodenje orkestra je prevzel znani slovenski klarinetist in dirigent g. Andrej Zupan. Dejavnost orkestra je usmerjena k sodelovanju na vseh večjih prireditvah v Cerknem in okolici, udeleževanju revij, prirejanju letnih in novoletnih koncertov, nastopanju izven domačega kraja ter vzdrževanju stikov s tujimi orkestri. Posneli so tudi prvo zgoščenko.